Hoewel de ILC E Mount Camera Body uitblinkt in veel opzichten, zijn er ook enkele nadelen die het overwegen waard zijn. De camera heeft bijvoorbeeld een relatief lage resolutie van 12,1 megapixels, wat in vergelijking met concurrenten wellicht wat beperkt kan aanvoelen, vooral voor fotografen die streven naar hoge-resolutie beelden. Dit is echter een bewuste keuze van Sony om de video- en lichtgevoeligheid te optimaliseren, maar het kan een beperking zijn voor bepaalde foto-applicaties.
Daarnaast bevindt het prijskaartje zich in het hogere segment, wat voor hobbyisten en beginnende filmmakers een flinke investering is. Dit maakt de camera vooral aantrekkelijk voor professionals die de geavanceerde functies en prestaties daadwerkelijk zullen benutten. Voor de gemiddelde consument is het wellicht een overkill.
De bediening van de camera, hoewel veelzijdig en krachtig, kent door de vele functies ook een steile leercurve. Niet elke gebruiker zal direct comfortabel zijn met alle geavanceerde instellingen en menu’s, wat een gedegen inwerktijd vereist. Verder is het menu soms wat complex en kan het navigeren omslachtig zijn voor wie snel wil schakelen.
Tot slot is de batterijduur bij intensief filmen, vooral in 4K 120p, redelijk beperkt. Hoewel de camera meerdere accu’s ondersteunt, is het aan te raden extra batterijen mee te nemen voor lange shoots, wat extra gewicht en kosten met zich meebrengt.